Pierre-Jacques de Fleyres est né à Espalion vers 1550, fils de Jean de Fleyres, juge de la baronnie de Calmont
 (Rouergue) et d'Anne 
d'Ozillis.
Il est prieur de Saint-Paul de Massaguiès, au diocèse d'Albi, lorsqu'il est promu  évêque de Saint-Pons par le pape.
 
Le roi avait alors promis l'évêché à Jean de Clermont, neveu de 
Jacques de Castelnau de Clermont et décédé évêque de 
Saint-Pons en 1586. Ne pouvant administrer le diocèse lui-même, Jean de Clermont avait  choisit comme "prête-nom" Pierre 
de Fleyres,
 fils d'un juge de ses terres. Il pensait pouvoir le manipuler facilement et avait demandé au roi de faciliter 
cette nomination (l'oncle et le grand-oncle de Jean de Clermont
 avaient été évêques
de Saint-Pons).
Pourtant, après sa nomination, et malgré les plaintes de Jean de Clermont, Mgr de Fleyres entend exercer toute ses
 prérogatives et refuse 
surtout de restituer les revenus de son évêché (plus tard il n'accepte pas de céder son siège épicopal au fils de Jean de Clermont, 
qui proteste !).
Lorsque le nouvel évêque fait son entrée à 
Saint-Pons en 1590, il découvre un 
diocèse qui a été ravagé par les guerres
 de religion .
Le chroniqueur Amblard nous l'apprend dans ces termes :" Messire Pierre de Fleyres, 
seigneur et évesque de Saint-Pons, fit son entrée 
jourd'hui mesme en cette ville, et fut logé à la maison de feu Antoine Molinié, près
 le pont
d'entre deux villes, à cause de la ruine de l'évêché et maison épiscopale".
L'épiscopat de Mgr de Fleyres est marqué par ses tragiques événements.
A la suite des destructions de 1567 (prise de la ville par les huguenots et ruine du monastère), la vie monastique 
est devenue impossible :
 
le chapitre de Saint-Pons demande sa sécularisation en 1610 : les religieux,
 réduits au nombre de 14,  ne vivent plus sous la règle de Saint-Benoit
 et prennent le costume des chanoines des chapitres  séculiers.
En 1619, s'achèvent les travaux de réparations de la 
cathédrale, endommagée par les protestants lors du pillage de 1567. 
Cette période troublée est marquée par les derniers épisodes des guerres de religion (en 1625 à 
Courniou), puis par la rebellion du 
duc de Montmorency (en 1632) qui atteint
 la partie méridionale du diocèse de Saint-Pons. 
Dans les dernières années de son existence, Mgr de Fleyres est soupconné de 
soutenir le parti du dernier 
duc de Montmorency,
 gouverneur
 du Languedoc,
 qui s'est retourné contre le pouvoir royal.
Accusé de crime de lèse-majesté et déféré au tribunal, Mgr de Fleyres meurt pendant l'instance en 1633 . Il
est enterré dans la cathédrale de Saint-Pons. C'est son neveu
 Jean-Jacques de Fleyres qui lui 
succède.